1988
＊本系以「醫學工程研究所」之名創立，周有禮教授接任創所所長
1989
＊張冠諒老師、蘇芳慶老師獲聘擔任醫工所副教授
＊鄭國順老師獲聘擔任醫工所講師
1990
＊鄭國順老師改聘為副教授
＊陳家進老師獲聘擔任醫工所副教授
＊醫工所正式由工科系遷至現址
＊周有禮教授承接國科會生物力學發展整體規劃
1991
＊張憲彰老師、陳天送老師、張志涵老師獲聘擔任醫工所副教授
＊周有禮老師連任所長並擔任國科會電機學門醫工組諮議委員
＊醫工所首次主辦醫學工程年會及科技研討會
1992
＊黃淳權老師由教育部擴大延攬計畫獲聘擔任醫工所教職兩年
＊主辦中美骨科與復健生物力學研討會
1993
＊醫學工程研究所博士班成立
＊周有禮老師創立台灣生物力學學會，並擔任第一屆理事長
＊馮元楨院士、錢煦院士首次蒞臨本所參訪
1994
＊周有禮老師卸任所長，由張冠諒老師接任所長
＊鍾高基老師獲聘擔任醫工所副教授
＊張冠諒老師榮昇教授
1995
＊主辦醫學工程年會及科技研討會
＊主辦國際生物力學研討會與國際步態分析研討會
＊周有禮老師主編大陸醫用生物力學期刊台灣專刊
1996
＊周有禮老師擔任NHRI醫工組第一屆諮議委員
1997
＊張冠諒老師卸任所長，由鄭國順老師接任所長
＊張冠諒老師接任中華民國醫學工程學會理事長
＊蘇芳慶老師、鄭國順老師、陳家進老師榮昇教授
1998
＊生物醫學工程研究所十周年慶
1999
＊主辦醫學工程年會及科技研討會
＊張憲彰老師、陳天送老師榮昇教授
2000
＊鄭國順老師卸任所長，由蘇芳慶老師接任所長
＊張志涵老師榮昇教授
2001
＊蘇芳慶老師接任第三屆台灣生物力學學會理事長
2002
＊周有禮老師榮退
＊張冠諒老師擔任國科會生物處醫工學門著急人放射線及核醫召集
2003
＊蘇芳慶老師卸任所長，由張憲彰老師接任所長
＊蘇芳慶老師擔任主席主辦International Conference on Mechanics in Medicine and Biology
2004
＊主辦生物醫學工程年會及科技研討會
2005
＊鄭國順老師接任中華民國生物醫學工程學會理事長
＊葉明龍老師獲聘擔任醫工所助理教授
2006
＊張憲彰老師卸任所長，由張志涵老師接任所長
2007
＊與莫斯科大學力學研究所簽訂合作備忘錄
＊謝清河老師獲聘擔任醫工所合聘助理教授
＊蘇芳慶老師擔任主席主辦國際電腦生物模擬研討會與國際手腕生物力學研討會
2008
＊張冠諒老師辭世
＊主辦國際奈米生物醫學工程研討會
＊蘇芳慶老師擔任國科會生物處工程醫學學門召集人
＊生物醫學工程研究所二十周年慶
2009
＊張志涵老師卸任所長，由陳家進老師接任所長
＊蘇芳慶老師擔任主席主辦1st Taiwan-Japan Symposium on Innovative Health Technology-Medical and Assistive Devices
＊胡晉嘉老師獲聘擔任醫工系助理教授
2011
＊正式更名為「生物醫學工程學系」，始招收大學部學生
＊陳家進老師接任創系系主任
＊蘇芳慶老師接任中華民國醫學工程學會理事長
＊蘇芳慶老師擔任國立成功大學前瞻醫療器材科技中心創始中心主任
＊蘇芳慶老師擔任國立成功大學肌肉骨骼研究中心創始中心主任
＊陳家進老師擔任 Journal of Medical and Biological Engineering 主編
＊莊漢聲老師獲聘擔任醫工系助理教授
2012
＊陳家進老師卸任系主任，由陳天送老師接任系主任
＊邱文泰老師獲聘擔任醫工系助理教授
2013
＊陳家進老師接任台灣生技整合育成中心技術長
＊陳家進老師擔任科技部工程司召集人
＊黃執中老師獲聘擔任醫工系助理教授
＊郭榮富老師獲聘擔任醫工系副教授
2014
＊陳家進老師接任中華民國生物醫學工程學會理事長
＊鄭國順老師擔任成功大學醫學院附設醫院工務室主任
2015
＊陳天送老師卸任系主任，由陳家進老師接任系主任
＊蘇芳慶老師接任國立成功大學研究總中心中心主任
＊鄭國順老師擔任科技部工程科技推展中心主任
＊蘇芳慶老師擔任 Journal of Medical and Biological Engineering 主編
＊方佑華老師、吳炳慶老師獲聘擔任醫工系助理教授
＊陳芃婷老師獲聘擔任醫工系副教授
2016
＊蘇芳慶老師接任中華民國行政院科技步政務次長
＊林哲偉老師、涂庭源老師、楊岱樺老師獲聘擔任醫工系助理教授
＊籌備創設之「醫療器材創新國際碩士班(MDI)」始招生
＊蘇芳慶老師擔任主席主辦Biomedical Engineering Ecosystem Stmposium及International Conference on Future Healthcare and Economic Development in Southeast Asia
2017
＊鄭國順老師擔任國際電機電子工程師學會中華民國第一分會理事長(IEEE Tainan Section Chair)
2018
＊陳家進老師卸任系主任，由葉明龍老師接任系主任
＊葉明龍老師接任國立成功大學前瞻醫療器材科技中心主任
＊鄭國順老師擔任成功大學醫學院附設醫院醫工室主任
＊葉明龍老師榮昇教授
＊生物醫學工程系所三十周年慶
＊鄭友仁老師獲聘擔任醫工系教授
2019
＊蘇芳慶老師擔任成大研究發展基金會暨成大校友文教基金會董事長
＊蘇芳慶老師擔任國立成功大學副校長
2020
＊蘇芳慶老師擔任國立成功大學工學院代理院長
＊杜翌群老師獲聘擔任醫工系副教授
＊范景翔老師、周鼎贏老師獲聘擔任醫工系助理教授
2021
＊葉明龍老師卸任系主任由邱文泰老師接任系主任
＊醫工系系友會正式成立
＊醫工系大學部十周年慶
2022
＊成大醫工系與University of Southern California簽訂合作MOU
